Opracowanie uniwersalnego buforu i procedur postępowania z trudnymi próbkami biologicznymi, umożliwiających wykonanie bezpośredniej diagnostyki real-time PCR

Opracowanie uniwersalnego buforu i procedur postępowania z trudnymi próbkami biologicznymi, umożliwiających wykonanie bezpośredniej diagnostyki real-time PCR Przedmiotem zamówienia jest usługa badawczo-rozwojowa obejmująca dobór stężeń co najmniej dwóch nieenzymatycznych czynników wpływających na lepkość próbek i właściwości mukolityczne oraz walidację wybranego rozwiązania. Celem jest wskazanie czynnika lub układu czynników, który poprawia jednorodność i pipetowalność lizatu, a jednocześnie nie hamuje reakcji PCR. Zakres obejmie w szczególności: Etap I – badania analityczne Zbadanie co najmniej dwóch czynników funkcjonalnych. Każdy czynnik zostanie oceniony oddzielnie w pięciu stężeniach. Dla każdego wariantu należy wykonać trzy powtórzenia w pięciu rodzajach próbek, z zastosowaniem dwóch układów detekcji PCR – real-time PCR z sondą oraz SYBR Green – i co najmniej dwóch komercyjnych mastermiksów PCR. Następnie należy przygotować i zbadać pięć wybranych kombinacji obu czynników, obejmujących różne pary ich stężeń. Część indywidualna obejmie: 2 czynniki × 5 stężeń × 3 powtórzenia × 5 rodzajów próbek × 2 układy PCR × 2 mastermiksy = 600 oznaczeń. Część kombinacyjna obejmie: 5 kombinacji stężeń × 5 rodzajów próbek × 2 układy PCR × 2 mastermiksy = 100 oznaczeń. Łącznie Etap I obejmie minimum 700 oznaczeń analitycznych. Niezbędne kontrole, w tym próbka bez badanych czynników, kontrola negatywna i kontrola amplifikacji bez matrycy biologicznej, należy wykonać dodatkowo; nie są one wliczane do 700 oznaczeń analitycznych. Dla każdego wariantu należy ocenić co najmniej: wartość Cq albo Ct, obecność amplifikacji nieswoistej i krzywej topnienia w układzie SYBR Green, końcowy sygnał fluorescencyjny oraz odsetek reakcji nieważnych. Na podstawie wyników Wykonawca wybierze optymalne stężenie każdego czynnika, oceni korzyść wynikającą z ich połączenia oraz zarekomenduje do walidacji najlepszy wariant pojedynczy albo kombinację obu czynników. Etap II – walidacja na próbkach Walidację należy przeprowadzić na 150 próbkach: 5 rodzajów próbek × (15 próbek dodatnich + 15 próbek ujemnych) = 150 próbek, czyli po 30 próbek na każdą matrycę. Status próbki zostanie określony metodą referencyjną lub na podstawie udokumentowanego wyniku referencyjnego. Walidacja zostanie wykonana z użyciem wariantu wybranego w Etapie I. Należy określić co najmniej zgodność wyników dodatnich i ujemnych, liczbę wyników nieważnych. Materiały i odpowiedzialność Zamawiający dostarczy próbki, bufor bazowy, materiały kontrolne (w tym zestawy do izolacji DNA dla metod referencyjnych), master mixy, startery i sondy oraz informacje o docelowym procesie przygotowania próbki. Wykonawca zapewni badane czynniki i materiały jednorazowe/zużywalne. Rezultaty usługi Wykonawca przekaże plan doświadczeń, komplet surowych danych, zestawienie wszystkich oznaczeń analitycznych i próbek walidacyjnych, analizę statystyczną, rekomendowane stężenia czynników stosowanych oddzielnie i w połączeniu, opis ograniczeń oraz raport końcowy w formacie PDF i edytowalnym. Wyłączenia Usługa nie obejmuje opracowania kompletnego buforu, mastermiksu, polimerazy, starterów, sond, panelu diagnostycznego Dane wejściowe, w tym wyniki pomiarów, zapewni Zamawiający. Planowany termin rozpoczęcia realizacji zamówienia przyjmuje się na dzień 1 sierpnia 2027. Planowany termin zakończenia realizacji usługi przyjmuje się na dzień 30 listopada 2027. Oferent jest związany ofertą do momentu podpisania umowy warunkowej, która staje się wiążąca dla obu stron. Związanie ofertą: 60 dni. Warunki udziału: Osoby zdolne do wykonania zamówienia: Oferent dysponuje co najmniej dwoma (2) ekspertami, z których co najmniej jedna posiada stopień naukowy doktora w dziedzinie nauk biologicznych lub nauk ścisłych i przyrodniczych, w szczególności w zakresie biologii molekularnej i/lub chemii oraz wskazanie co najmniej dwuletniego doświadczenia w realizacji projektów badawczo-rozwojowych. Wymagane dwuletnie doświadczenie może wynikać z udziału w jednym lub kilku projektach B+R. Okresy realizacji projektów nakładające się na siebie nie podlegają podwójnemu zaliczeniu. Doświadczenie powinno być zbieżne z przedmiotem zamówienia. Warunek zostanie spełniony na podstawie oświadczenia złożonego przez Oferenta, a także poprzez wypełnienie wykazu dot. kadry w ramach Załącznika nr 1. Dopuszcza się możliwość zmiany przez Oferenta osób wchodzących w skład zespołu wyznaczonego do wykonania zamówienia na personel o wyższym lub równoważnym doświadczeniu i kwalifikacjach. Zamawiający zastrzega, że będzie uprawniony do wezwania wyłonionego Oferenta do przedstawienia, przed podpisaniem umowy, dowodów potwierdzających prawdziwość złożonego oświadczenia (np. cv, certyfikaty etc). Zamawiający oceni spełnienie powyższego warunku według formuły: „spełnia/nie spełnia” na podstawie informacji, o których mowa powyżej. Potencjał techniczny: Oferent dysponuje odpowiednim potencjałem technicznym - podmiot powinien dysponować zasobami technicznymi niezbędnymi do rzetelnego wykonania powierzonych prac zgodnie ze szczegółowym opisem zamówienia. Zamawiający uzna przedmiotowy warunek za spełniony w odniesieniu do Oferenta, który złoży stosowne oświadczenie (ocena na podstawie oświadczenia – załącznik nr 1 do zapytania ofertowego). Zamawiający oceni spełnienie powyższego warunku według formuły: „spełnia/nie spełnia” na podstawie informacji, o których mowa powyżej. Uprawnienia do wykonywania określonej działalności lub czynności: Oferent posiada uprawnienia do wykonywania określonej działalności lub czynności objętych przedmiotem zamówienia, jeżeli przepisy prawa nakładają obowiązek ich posiadania (ocena na podstawie oświadczenia – załącznik nr 1 do zapytania ofertowego). Zamawiający oceni spełnienie powyższego warunku według formuły: „spełnia/nie spełnia” na podstawie informacji, o których mowa powyżej. Wiedza i doświadczenie: Oferent posiada wiedzę i doświadczenie niezbędne do realizacji zamówienia (ocena na podstawie oświadczenia i informacji o zrealizowanych pracach B+R - załącznik nr 1 do zapytania ofertowego). Zamawiający oceni spełnienie powyższego warunku według formuły: „spełnia/nie spełnia” na podstawie informacji, o których mowa powyżej. Dodatkowe warunki udziału: Oferent dysponuje potencjałem merytorycznym, technicznym, osobowym i badawczym w kontekście zakresu usługi objętej zapytaniem ofertowym (ocena na podstawie oświadczenia – załącznik nr 1 do zapytania ofertowego). Zamawiający oceni spełnienie powyższego warunku według formuły: „spełnia/nie spełnia” na podstawie informacji, o których mowa powyżej. Kryteria oceny ofert: Zamawiający dokona oceny ofert spełniających warunki udziału w postępowaniu na podstawie następujących kryteriów: Cena netto – waga 100% i. znaczenie kryterium – 100 pkt; ii. opis sposobu oceny ofert według kryterium „Cena” według wzoru: Pkt.= Cn/Co *100 pkt Cn – najniższa cena netto Co - oferta Miejsce realizacji: Gdańsk